Mons. Martínez Flores, que hasta el momento era Ordinario Militar de Paraguay, nació en Asunción el 8 de julio de 1951. Realizó sus estudios primarios en Coronel Oviedo y los secundarios en Asunción.
Estudió en la Facultad de Economía de la Universidad Nacional. Posteriormente, se trasladó a Washington D.C. donde obtuvo una Licenciatura en la Facultad del Colegio Oblato.
Más tarde asistió a la Escuela Internacional de Sacerdotes del Movimiento de los Focolares en Frascati, Italia, y Obtuvo la Licenciatura en Teología en la Universidad Pontificia Lateranense.
Entre 1981 y 1984 fue Director de Congresos Internacionales para la formación de los seminaristas del Movimiento de los Focolares en Buenos Aires y otras provincias de Argentina.
Recibió el orden sacerdotal el 24 de agosto de 1985 y quedó incardinado en la Diócesis de Santo Tomás de las Islas Vírgenes Americanas.
Tras 9 años de ministerio sacerdotal en las Islas Vírgenes regresó a Paraguay para servir en la Arquidiócesis de Asunción. Entre 1995 y 1997 fue párroco de la Parroquia de los Sagrados Corazones de Jesús y María en Asunción.
El 8 de noviembre de 1997 fue ordenado Obispo titular de Tatilti y Auxiliar de la Arquidiócesis de la Santísima Asunción. El 18 de mayo de 2000 fue trasladado a la Diócesis de San Lorenzo y el 19 de febrero de 2007 fue nombrado Obispo de la Diócesis de San Pedro.
El 14 de marzo de 2012 fue trasladado al Ordinariato Militar como Obispo de las Fuerzas Armadas de la Nación y de la Policía Nacional, ministerio que ejerció hasta su actual nombramiento como Obispo de Villarrica.
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